Иновационната стратегия за интелигентна специализация се основава на „процеса на предприемаческо откритие“ за определяне на икономическите приоритети в рамките на научно-изследователските и иновационни дейности, с цел създаване на конкурентно предимство чрез развитие и съобразяване на собствените силни страни в научните изследвания с потребностите на индустрията. Целта е да се отговори на новите възможности и промени на пазара, като се съсредоточат инвестициите в области, осигуряващи увеличаване на добавената стойност на икономиката и нейната конкурентоспособност на международните пазари. ИСИС по своята същност е процес, който ще продължи през целия програмен период.

Иновационната стратегия за интелигентна специализация се разработва в съответствие със стратегията на Съюза „Европа 2020” за интелигентен, устойчив и приобщаващ растеж, както и в изпълнение на тематична цел 1, от чл. 9 на Регламент (РЕ) 1300/2013 г. - „засилване на научно-изследователската дейност, технологичното развитие и иновациите“. ИСИС е тематично предварително условие от Приложение ХI от същия регламент, от изпълнението на което зависи отпускането на средства по Оперативни програми „Иновации и конкурентоспособност“ и „Образование и наука за интелигентен растеж“.