Необходимостта от изменение и допълнение на Инструкция № И-3 от 15.11.2012 г. за организация на взаимодействието между Прокуратурата на Република България и военната полиция произтича от наличието на изменения в законовата уредба, както и от непълноти в досегашния текст на инструкцията, някои от които изискват изменение на текста й. Други непълноти е целесъобразно да продължат да бъдат уреждани с методически и организационни актове и указания в прокуратурата и Министерство на отбраната, тъй като с тези ведомствени актове се създават права и задължения единствено за структурите, подчинени на органа, издал акта и това позволява бърза реакция при изменения в законите, за чието изпълнение са предназначени.
Изменението и допълнението на инструкцията ще окаже положителен ефект в работата на органите на досъдебното производство, чрез въвеждането на единна практика, относно срокове за извършване на проверки и разследвания, реализация на оперативни дела и други противоречиво решавани въпроси.
Така например чл.2 от инструкцията е предназначен да отстрани противоречието между Закона за военната полиция и нормата на чл.405 от НПК, относно компетентността на военните разследващи полицаи. Предлаганият нов текст предвижда прокурорът да прецени дали лично да извърши разследване или да предложи възлагането му на военен следовател, когато разследването не може да бъде проведено от военен разследващ полицай, въпреки нормата на чл.405 ал.2 от НПК (срещу служители на НСО, ДАР и лица на военновременна служба в структурите по чл.50 ал.2 от ЗОВС). Предложеното изменение ще приведе текста на инструкцията в съответствие с изменението на НПК, с което е създадена нова т.3 в чл.405, ал.1 от НПК- обн., ДВ, бр. 71 от 2013 г.
Действащият досега текст на чл.8, ал.2 от инструкцията предвижда задължение на военния прокурор или следовател, който привлече обвиняем да осигури явяването му в регионалната служба „Военна полиция“, за да му бъде извършена полицейска регистрация. С измененията на чл.6 ал.5 и 6 от Закона за военната полиция обн.,ДВ бр.86 от 2016г. и с чл.9 и 10 от ИНСТРУКЦИЯ № И-1 от 7.01.2013 г. издадена от министъра на отбраната и министъра на вътрешните работи, обн., ДВ, бр. 7 от 25.01.2013 г., в сила от 25.01.2013 г. е създадена процедура за полицейска регистрация, която не изисква действия и не предвижда правомощия на прокурор и следовател. Предлаганото изменение привежда текста на чл.8, ал.2 от инструкцията в съответствие с актуалната редакция на чл.6 от Закона за военната полиция.
С предлаганите изменения на чл.10 и чл.11, текстът на инструкцията се привежда в съответствие с измененията в чл.145 от Закона за съдебната власт, обн. ДВ, бр. 62 от 2016 г., в сила от 09.08.2016 г.
Предлаганата нова алинея 6 на чл.15 от инструкцията създава задължение за дежурния военен прокурор, получил съобщение за престъпление, извършено от чуждестранен военнослужещ, лично да прецени основанията за упражняване на наказателната юрисдикция на Република България и компетентната да я упражни прокуратура. Този текст се предлага поради изключителната правна сложност на няколкото различни режима на наказателна отговорност на чуждестранните военнослужещи, пребиваващи в България, съгласно международни договори.
Предлаганата нова алинея на чл.17 възпроизвежда и уточнява текста на чл.234, ал.З от НПК в действащата й. редакция - обн. ДВ бр.63 от 2017 г., в сила от 05.11.2017 г. Необходимостта от новата алинея произтича от констатираната противоречива практика при удължаване на сроковете за разследване от наблюдаващите прокурори.
Предлаганите изменения на чл. 18 от инструкцията привеждат текста му в съответствие с чл.214, ал.3 и чл.203, ал.3 от НПК.
Предложено е премахване на задължението за образуването на досъдебно производство да бъде уведомен началникът на лицето срещу което е образувано, тъй като след създаването на чл.214 ал.3 НПК (Нова - ДВ, бр. 63 от 2017 г., в сила от 5.11.2017 г.) „В акта за образуване на досъдебно производство по ал. 1 и 2 не се посочват имената на лицето, за което има данни, че е извършило престъплението.“
Предложено е и премахване на задължението на разследващия орган да приема с постановление процесуалните действия, извършени от друг орган. Такова постановление не е необходимо след създаването на чл.203 ал.З НПК (Нова - ДВ, бр. 109 от 2008 г., изм., бр. 32 от 2010 г., в сила от 28.05.2010 г.) „При промяна в компетентността и в други случаи, когато един разследващ орган по чл. 52, ал. 1 бъде заменен с друг, извършените действия по разследването и други процесуални действия запазват процесуалната си стойност.“