Промените в УП на МВнР се налагат от промените в координационния механизъм по въпросите на ЕС и националния механизъм за координация на подготовката и провеждането на Българското председателство на Съвета на Европейския съюз през 2018 г. в това число и от тези, предизвикани от приемането на Решение (ЕС) 2016/1316 на Съвета от 26 юли 2016 г. за изменение на Решение 2009/908/ЕС, с което се измести периода на провеждане на Българското председателство през първата половина на 2018 г.; променената роля на министъра на външните работи в координационния механизъм, както и от Пътната карта за модернизация на организацията и функционирането на Министерството на външните работи.
Функционалните и структурни промени, заложени проекта на Правилник, са в следните направления:
- правомощията на министъра са приведени в съответствие с измененията в ПМС № 85 от 2007 г. за координация по въпросите на Европейския съюз и ПМС № 114 от 2016 г. за създаване на национален механизъм за координация на подготовката и провеждането на Българското председателство на Съвета на Европейския съюз през 2018 г.
- обособява се нова дирекция "Информационни и комуникационни системи";
- обособява се нова дирекция "Административно обслужване“;
- променят се наименованието и функциите на дирекция „НАТО и регионална сигурност”, която за в бъдеще ще се нарича „Политика за сигурност” и поема функциите, свързани с контрола на въоръженията;
- осъвременена е дейността на дирекция „Сигурност“, чието наименование е променено на „Сигурност на дейността и информацията“, с оглед повишените изисквания към сигурността на информацията;
- увеличена е числеността на персонала на задграничните представителства, което е в резултат на Решение № 1018 на Министерския съвет от 28 ноември 2016 г. за изменение и допълнение на Решение № 603 на МС от 2008 г. за определяне състава на Постоянното представителство на Република България към Европейския съюз в Брюксел, Белгия.